为规范和指导第三次新疆科考野外调查工作，明确各要素调查指标、工作流程、调查方法，为新疆科考提供标准化工作方案，形成全疆一张图。“新疆第三次综合科学考察典型区域预调查”项目团队在国家和行业相关调查标准基础上，结合新疆自然资源环境特点和当前先进调查手段，继承并进一步丰富评价内容，改进评价方法，编制形成了《第三次新疆综合科学考察调查手册》（以下简称《调查手册》），经内部研讨、典型区实地验证、征求各行业部门与已启动科考项目组意见，以及专家评议等环节，于2022年4月1日正式发布。

《调查手册》共分为七个部分。第一部分为科考目标和任务。明确了第三次新疆科考的背景、总体思路、目标、重点任务和分区科考方案，便于调查人员掌握第三次新疆科考的整体情况。第二部分至第六部分，分别介绍了五大片区（塔里木河流域片区、伊犁河流域片区、额尔齐斯河流域片区、天山北坡经济带片区和吐哈盆地片区）的科考目标、主要任务与调查重点。第七部分为保障措施。明确了第三次新疆科考的组织管理架构、工作机制和协调保障机制，以及责任专家跟踪、成果管理和数据汇交等机制。

同时，为明确每个领域的调查内容、调查方法和调查工作要求等内容，分别制定并发布了草地资源调查、荒漠化沙化调查、农田生态系统调查、森林资源调查、生物多样性调查、湿地资源调查、水文巡测、水资源调查、土地资源调查，以及冰冻圈调查共10个分册。

第三次新疆综合科学考察调查手册封面